اهداف کوتاه مدت مرکز تحقیقات:
انجام پژوهش‌های کاربردی برای رفع مشکلات محیط زیستی کشور
ارتباط با سازمان‌های ملی، منطقه‌ای و بین‌المللی
تحقیق و پژوهش با هدف دستیابی به دانش و فنآوری بازیافت پساب‌های شهری، صنعتی و کشاورزی با تکیه بر روشهای اکولوژیک
انجام مطالعات اثرات محیط زیستی در طرح‌های توسعه با رعایت الگوی توسعه پایدار
مشاوره، اجرا و یا همکاری در انجام طرح‌ها و پروژه‌های تحقیقاتی، آموزشی، مشاوره ای و خدماتی با مؤسسات علمی و پژوهشی دیگر
مشارکت در طرح‌های کلان ملی در زمینه های مرتبط
ارائه خدمات کارشناسی و مشاوره ای به مراکز پژوهشی، آموزشی و اجرائی
انتشار مجلات علمی و پژوهشی ادواری، مقالات، کتب و نشریات تخصصی، بولتن‌ها و گزارش‌های فنی در زمینه‌های مرتبط
انجام فعالیت‌های تحقیقاتی، انتقال فناوری و آموزشی (تخصصی) برمبنای دو اصل اساسی مساله محور بودن و بومی‌سازی آنها
